Manuel tedaviye başlamadan evvel mutlak sakıncalı durumların kıymetlendirilmesi mecburidir. Pekçok sistemik hastalıkla birlikte birçok lokal problem yapılmaması gereken durumları oluşturur. Manuel terapi sistemleri lakin deneyimli bir uzmanın gözetiminde, uzun periyodik pratikle öğrenilebilir. Yeterli deneyime sahip olmayanların manuel terapi yapmaya kalkışmaları geri dönüşümsüz sıkıntılarla sonuçlanabilir. Kanserler, sistemik kemik hastalıkları, kanama bozuklukları, kırıklar ve ilerleyici kuvvet kaybıyla giden hastalıklar değerli yapılmaması gereken grupları oluşturur.
Tamamen donmuş eklemlerde uygulama yapılamayacağı üzere, eklemlerde çok gevşeklik olan durumlarda da yapılamaz. Yırtıklar, burkulmalar, doğumsal sakatlıklar, iltihablı romatizma kaynaklı eklem ağrıları ve şiddetli osteoporoz varlığında yapılması sakıncalıdır. Fizik tedavi ve rehabilitasyon uzman tabipleri, nöroloji ve ortopedi uzmanları kas iskelet sisteminin değerlendirilmesinde uzman olduklarından manuel terapi uygulamalarına en yeterli karar verecek bireylerdir.